Η Διοικητική Αρμοδιότητα για το Πρόγραμμα είναι από το 2003 στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Από την ίδρυσή του μέχρι το 2003 η αρμοδιότητα ήταν στο Μαθηματικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Αθηνών. Η Υπουργική Απόφαση (διαθέσιμη εδώ) ίδρυσης του Προγράμματος προβλέπει την εναλλαγή της Διοικησης μεταξύ των συμμετεχόντων Τμημάτων ανά τριετία.

Η διοίκηση του Προγράμματος γίνεται από την Ειδική Διαπανεπιστημιακή Επιτροπή (ΕΔΕ) που αποτελείται από εκπροσώπους των Τμημάτων που συμμετέχουν. Για το Ακαδ. Έτος 2010-11 η ΕΔΕ αποτελείται από τους εξής Καθηγητές των συμμετεχόντων Τμημάτων

ΕΚΠΑ - Τμήμα Μαθηματικών

• Ιωάννης Εμμανουήλ Αναπληρωτής Καθηγητής
• Χαράλαμπος Δαμιανού Αναπληρωτής Καθηγητής
• Δημήτριος Χελιώτης Επικουρός Καθηγητής

ΕΚΠΑ - Τμήμα Οικονομικών

• Γεώργιος Δονάτος Καθηγητής
• Νικόλαος Μυλωνάς Καθηγητής
• Παναγιώτης Αλεξάκης Αναπληρωτής Καθηγητής

ΟΠΑ - Τμήμα Πληροφορικής

• Παναγιώτης Κατερίνης Καθηγητής
• Ιωάννης Κοντογιάννης Καθηγητής
• Ευάγγελος Μαγείρου Καθηγητής

Πρόεδρος της ΕΔΕ είναι ο Καθηγητής κ. Ευάγγελος Μαγείρου.

Διευθυντής Προγράμματος Σπουδών είναι ο Καθηγητής κ. Ιωάννης Εμμανουήλ.

Επιστημονικός Συνεργάτης του Προγράμματος είναι ο αριστούχος απόφοιτος κ. Ιωάννης Δημητρακόπουλος, Υποψ. Διδάκτωρ του Τμήματος Πληροφορικής του Ο.Π.Α.

Αξίζει να σημειωθεί ότι το Διευθυντής του Προγράμματος Σπουδών Καθηγητής κ. Ιωάννης Εμμανουήλ, μεταξύ των άλλων ακαδημαϊκών του τίτλων είναι και απόφοιτος του Μεταπτυχιακού αυτού Προγράμματος!